В Башкортостане в 1934 году был создан отдел исправительно-трудовых работ, а в 1937 году ОМЗ (отдел мест заключения) УНКВД по БАССР, который в 1943 году был реорганизован в УИТЛК (Управление исправительно-трудовых лагерей и колоний). В разное время на территории республики располагались ИТК (исправительно-трудовые колонии), отдельные лагерные пункты, лагерные отделения, пересыльные тюрьмы.
В 30-е годы трудом заключенных держались многие отрасли экономики - лесозаготовка, добыча золота и цветных металлов, градостроительство, строительство крупнейших индустриальных гигантов (Беломоро-Балтийский канал, Турксиб, Магнитка), освоение районов Севера и Дальнего Востока.
Спецконтингент, содержащийся в республиканских местах лишения свободы, был задействован на строительных участках «Башспецнефтестроя» в Казаяке, Красном Холме, Улу-Теляке, Туймазах.
В годы Великой Отечественной войны на территории Башкирии были созданы лагеря для содержания военнопленных, труд которых использовался на строительство промышленных предприятий, объектов социально-культурного назначения, жилья. Например, содержавшиеся на территории современной исправительной колонии №13 пленные немцы, принимали участие в строительстве некоторых цехов УМПО, кинотеатра «Победа», бараков на территории города Черниковска, позже ставшим одним из районов города Уфы. Большинство этих лагерей было ликвидировано, а ИК-13 стала использоваться для содержания осужденных за уголовные преступления. Посредством участия администрации и труда осужденных ИК-13 была построена исправительная колония №3 и открыта ИК-9. Для строительства промышленных объектов и жилья в г.Салавате было открыто еще несколько колоний. К концу 40-х годов состав контингента в местах лишения свободы изменился: подавляющее большинство из них содержалось за совершение уголовных преступлений. Однако в 1953 году по амнистии Верховного Совета СССР было проведено массовое освобождение осужденных за уголовные преступления, что имело отрицательные последствия. В июле 1954 года введено в действие Положение об исправительно-трудовых лагерях и колониях, где главной задачей ставится исправление и перевоспитание заключенных на основе приобщения к общественно-полезному труду. Начинается ликвидация системы лагерей и переход к исправительно-трудовым колониям. В Башкортостане в результате реформирования в 1959 году было образовано УМЗ-ОМЗ МООП БАССР, где в 10 исправительно-трудовых колониях содержалось около 10 тысяч человек.
До середины 50-х годов администрация колоний была немногочисленной: небольшая оперативная и культурно-воспитательная часть. Более многочисленными были отделы охраны, сотрудники которых впрямую не работали с осужденными. Непродолжительно время колонии охранялись методом самоохраны: на охранные вышки выставлялись положительно зарекомендовавшие себя осужденные.
В 1957 году в системе УИТЛК республики содержалось 17658 человек.
В эти же годы вводится институт начальников отрядов. Основное внимание стало уделяться индивидуально-воспитательной работе, одним из основных методов которой был общественно-полезный труд. Во всех колониях было создано собственное производство, но в тот период оно не могло обеспечить работой весь спецконтингент. Осужденные строили большинство объектов нефтехимии и жилье в Салавате, в Уфе. Так силами осужденных были воздвигнуты предприятия «Салаватнефтеоргсинтез», «Синтезспирт», здание «Госцирка» и ряд других.
Совершенно несправедливы высказывания о каторжном труде осужденных. При назначении на работу всегда учитывалось состояние здоровья последних, имеющаяся специальность, в случае отсутствия которой проводилось обучение. Осужденным выплачивалась заработная плата, которая даже за вычетом половины на содержание колоний, позволяла приобретать дополнительные продукты питания, оказывать финансовую помощь семье, копить сбережения. В 50-х - начале 60-х годов осужденные имели право принимать пищу в коммерческой столовой, где питались и сотрудники, даже предварительно заказывать для себя отдельные блюда.
В примерном Положении об ИТК и тюрьмах союзных республик 1961 года, республикам предоставлялись права самостоятельно регулировать карательно-воспитательный процесс с учетом национальных особенностей, введением новой системы, нацеленной на углубленную дифференциацию осужденных. В 60-е годы появляются колонии-поселения, развивается сеть спецкомендатур для направления осужденных на стройки народного хозяйства, образованы следственные изоляторы, как самостоятельные учреждения, окончательно сформированы тюрьмы, как учреждения, исполняющие уголовные наказания, сложилась новая система, ведущее место в которой заняли ИТК.
У нас в республике дела обстояли следующим образом.
В 1969 году отдел мест заключения был преобразован в ОИТУ МВД БАССР, начальником его в те годы был полковник внутренней службы Юнусов Закий Кабилович, который впоследствии был назначен начальником открывшейся в Уфе средней специальной школы подготовки начальствующего состава МВД СССР (в настоящее время - Уфимский юридический институт МВД РФ). В 1972 году начальником отдела стал ныне покойный, полковник внутренней службы Рождественский Виктор Агафангелович. С 1987 по 1997 гг. Управление исполнения наказаний МВД РБ возглавлял полковник внутренней службы Коновалов Юрий Александрович, которого сегодня также нет среди нас. С августа 1997 года Управление исполнения наказаний МВД РБ возглавил подполковник внутренней службы Виктор Васильевич Шалыгин, а ныне генерал-лейтенант внутренней службы. В 1998 году Управлению был присвоен статус «Главного управления».
В 70-е годы из-за превышения лимита наполнения мест лишения свободы некоторые осужденные не были заняты трудом при недостатке трудовых ресурсов в стране. Поэтому часть осужденных направлялась не в колонии, а на госпредприятия и стройки. Была предпринята попытка решить кадровую проблему сотрудников исправительных учреждений путем повышения квалификации и переподготовки, начались изменения в практике взаимоотношения между администрацией и осужденными на принципе законности.
Многие годы УИС на территории Башкирии выступала инициатором и проводником новых методов воспитательного характера воздействия на осужденных. Еще в 70-е годы была разработана и внедрена «Система непрерывного профилактического воздействия на трудновоспитуемых осужденных», которая и сейчас успешно применяется в ряде регионов России. В конце 70-х годов впервые были организованы и проведены собрания родственников осужденных с посещением коммунальных и производственных объектов, встречей с осужденными, показами концертов художественной самодеятельности.
Руководством республиканской уголовно-исполнительной системы всегда уделялось особое внимание обучению и воспитанию кадров. В послевоенные годы основной костяк сотрудников составляли офицеры и солдаты, вернувшиеся с фронтов Великой Отечественной войны. В конце 60-х годов кадры УИС стали комплектоваться выпускниками высших учебных заведений, в основном педагогических институтов. В начале 70-х годов было принято решение об открытии на базе воспитательной колонии им. А. Матросова средней школы Министерства внутренних дел СССР. Первым ее начальником был назначен руководитель республиканской уголовно-исполнительной системы полковник внутренней службы З.К.Юнусов. Для практических занятий часто использовались базы исправительных колоний. Со временем средняя школа была преобразована в ВУЗ, сейчас это – Уфимский юридический институт МВД РФ.
В середине 80-х годов в законодательстве проявляется тенденция к ужесточению порядка отбывания наказания опасными преступниками, рецидивистами, расширен круг лиц, к которым не применялось условно-досрочное освобождение, усилилась уголовная ответственность за особо тяжкие преступления, в практику исполнения наказаний впервые пришла гласность, опубликована статистика ИТУ.
После распада СССР в 1991 году началось реформирование исправительно-трудовой системы России исходя из принципов гуманного отношения к правонарушителям, строгого соблюдения прав человека при исполнении наказаний, стимулирования правопослушных осужденных, дифференцированный подход к различным категориям преступников. Суть реформ сводится к последовательному претворению в местах лишения свободы международных стандартов и правил обращения с заключенными.
Новое время принесло с собой и новые задачи, подчас не связанные с уголовно-исполнительной деятельностью как таковой. Сотрудники УИС принимали и принимают участие в боевых действиях в горячих точках бывшего Союза, в контртеррористической операции на Северном Кавказе, каждодневно рискуя своими жизнями и проявляя в высшей степени героизм и мужество. Только за последние два с небольшим года более 60 сотрудников были награждены боевыми орденами и медалями.
С 1 января 1993 года согласно Указу Президента РФ было начато реформирование внутренних войск, функция надзора за спецконтингентом передавалась в ведение УИС. На практике передача надзора производилась с учетом только одной стороны – внутренних войск. Тогда в уголовно-исполнительной системе были созданы самостоятельные отделы безопасности, в функции которых входило обеспечение режима. В Башкортостане значительные успехи в укреплении режима в учреждениях УИС были связаны с назначением на должность заместителя начальника УИН по безопасности и оперативной работе В.В.Шалыгина. Уже 22 сентября 1993 года по инициативе республиканской УИС был подписан Указ Президента РБ «Об административной ответственности за недозволенную связь с осужденными». Было организовано патрулирование периметров исправительных колоний.
В 1995-96 г.г. УИС приняла от внутренних войск функцию охраны. Укомплектованность отделов охраны в большинстве подразделений не превышала 70 %. Началась серьезная работа по возведению новых технических средств охраны, внедрению новой техники, обучению личного состава. На базе ликвидированного ЛТП-2 в г.Мелеузе был создан Учебный центр, который стал проводить не только первоначальное обучение, но и переподготовку кадров.
Принятие в 1996 году нового Уголовно-исполнительного кодекса стало основанием для современной правовой базы исполнения наказаний, дальнейшей ее гуманизации, приближения условий отбывания наказаний в России к международным стандартам.
Усилия сотрудников и руководства УИС в Башкортостане принесли свои положительные результаты. Сегодня оперативная обстановка в подразделениях остается управляемой. Материальная база исполнения наказаний соответствует предъявляемым требованиям.
В 20 августе 2014 года в парке Победы у Вечного огня прошла торжественная церемония вручения знамени УФСИН России по Республике Башкортостан. Завершилась церемония прохождением торжественным маршем парадных расчетов и возложением цветов к Вечному огню.
В настоящий момент в УФСИН России по Республике Башкортостан имеет в своем составе 9 мужских исправительных колоний, Стерлитамакскую воспитательную колонию, 2 колонии - поселения, 2 лечебных учреждения, 5 следственных изоляторов, учебный центр, центр инженерно-технического обеспечения, управление по конвоированию, 35 филиалов уголовно-исполнительной инспекции, участок исправительного центра при КП - 6. Сегодня в республике в местах лишения свободы содержится свыше 11 300 человек. Свыше 15 500 осужденных к наказаниям, не связанным с лишением свободы, состоит на учете в уголовно-исполнительных инспекциях.